Funakoshi Yoshitaka, ktorý bol hlavne zodpovedný za zmeny Shuri-te v modernej Shotokan-ryu, zomrel roku 1945 na tuberkulózu. Majster Funakoshi, ktorému bolo takmer 70 rokov, sa stiahol z vedenia tréningu.Po vojne (r.1945) prevzali Yoshitaka asistenti, egami Shigeru a Hironishi Genshin – najpokročilejší majstri Shotokan-ryu, vedenie štýlu. Staré Shotokan-dojo bolo zničené a členovia znovu cvičili na šiestich univerzitách, na ktorých majster Funakoshi predtým vyučoval: HOSE, Waseda, Takushoku, Keijo, Sansha a Chuo. Majstri staršej generácie zo Shotokan (Shot-domu) viedli vyučovanie na týchto univerzitách a pod vedením Egamiho a Hironishi sa zlúčili do asociácie, ktorá sa všeobecne označuje ako Shotokai (Shot združenia). Vyučovali na univerzitách Yoshitakovo karate na tradičných základoch, tak ako boli odovzdávané majstrom Funakoshi a jeho synom.

Roku 1946 sa ale vrátil z Číny Nakyama Masatoshi a začal na univerzite Takushoku propagovať svoje myšlienky, premeniť karate v závodnej šport. Nakayama Masatoshi začal s karate na univerzite Takushoku roku 1932, u majstra Funakoshi zostal ale iba 4 roky, lebo v roku 1937 odišiel do Číny a vrátil sa až roku 1946. Karate v Shotokan sa prostredníctvom Yoshitakovy iniciatívy zmenilo a Nakayama bol neznámy.Karatisti staršej generácie Shotokan ako Funakoshi Yoshitaka alebo Shomoda Takeshi dosiahli medzitým vysokého majstrovstvá, ale aj žiaci z Nakayamova ročníka ako Hironishi Genshin, egami Shigeru, Noguchi Hironishi, Nishiyama zo Hidetaka alebo Obata Isao boli uznávané veličiny Shotokan. Pretože žiadny zo starých Sempai (vedúcich cvičiteľov) nebol už na žive, prevzali vedenie tréningov so súhlasom majstra Funakoshi Hironishi Genshin a egami Shigeru.

Keď sa Nakayama vrátil z japonsko-čínskej vojny, bola v novo založenom Shotokan-ryu celá rada majstrov vynikajúcej úrovne. Pretože im šiel z cesty, naučil sa od niektorých karatistov na univerzite Takushoku nový štýl, z ktorých sa zvlášť Minoru Miyata (jeden zo žiakov Funakoshi Yoshitaky a Hironishi Genshin) snažil vyučovať Nakayama Masatoshi zmeny. Krátko nato začal na univerzite Takushoku rozvíjať koncepcie bojového karate. Tieto snahy boli najprv zo strany väčšiny učiteľov Shotokan zosmiešňovanie. Napriek tomu sa mu podarilo získať pre svoj plán niektoré majstrami Shotokan, medzi nimi Nishiyama zo Hidetaka a Obata Isao. Spolu s nimi založil roku 1949 JKA (japonskú organizáciu karate). Cieľom tejto organizácie bolo vypracovať systém pravidiel pre závodné karate a vyškoliť inštruktorov pre preteky v karate, ktorí mali následne túto koncepciu šíriť.

Po mnohých ťažkostiach sa podarilo Nishyamovi Hidetaka uviesť v život kurz inštruktorov JKA a obsadiť ho výberovými športovci. Nishiyamova rodina bola v japonskej verejnosti vysoko cenená a on sám bol vynikajúci majster karate. Vďaka vážnosti a Nishiyamově veľkému vplyvu vyhlásili dokonca učitelia ako Yamaguchi Gogen alebo Otsuka Hironori, že sú pripravení tam učiť. Majster Funakoshi, ktorý bol tiež pýtali, svoju pomoc JKA odmietol.

Hlavnú zásluhu na výchove tejto elitnej skupiny mal bezpochyby Nishyiama Hidetaka, ktorý je právom počítaný k najväčším povojnovým učiteľom karate. Nishyiama bol tiež v päťdesiatych rokoch najvýznamnejšie osobností JKA, ako učiteľ predčil Nakayama a v Japonsku bol kultový osobnosťou.Neskôr, keď sa stal vedúcim inštruktorom JKA Nakayama, Nishyiama zostal naďalej uznávanou autoritou a nakoniec sa uchýlil v r.1960 do USA, aby šiel z cesty hroziacemu konfliktu s Nakayama.

Športovo profesionálnym tréningom, ktorý bol v tomto kurze vedený, si JKA vybudovala popredné postavenie a začala na nasledujúcich japonských majstrovstvách získavať všetky tituly. Členovia mnohých univerzitných dojo boli nadšení výkonmi mladých inštruktorov JKA v závodoch a pridávali sa k nim. JKA ponúkala tieto vynikajúce trénermi oproti úhrade univerzitám ako učiteľa a sľubovali úspechy na všetkých pretekoch. Kluby, v ktorých vyučovali inštruktori JKA, boli skutočne na pretekoch úspešnejší. Mnoho univerzít sa stalo potom členmi JKA a nechávali sa vychovávať jej členmi. Týmto spôsobom sa JKA pomaly rozširovala po celom univerzitnom a vysokoškolskom karate Japonska. Len dve univerzity v Tokiu – Waseda a Keio si uchránili svoju nezávislosť, lebo tu učili bývalí cvičitelia starej Funakoshiho školy za podpory majstrovho nebojovného karate (dnes SHOTOKAI). Boli však izolovaní šíriaci sa politikou JKA. Pretože vedenie univerzít vo Waseda a Keiyo odmietlo členstvo v JKA, dostali všetci študenti týchto univerzít roku 1955 zákaz tréningu v kluboch JKA.

Roku 1955 prevzal Nakayama Masatoshi celkovej vedení JKA a Masatomo Takagi, Nakayamův spolužiak z univerzity Takushoku, sa stal jej riaditeľom. Vďaka tomu mohla JKA roku 1964 opustiť svoje malé Yotsuya-dojo a nasťahovala sa do starého Kodokanu.

Predstavenie JKA ale snívali o tom, presadiť svoju koncepciu pretekárskeho karate na medzinárodnej úrovni.Už roku 1957 bol Mikami Takauki vyslaný ako inštruktor JKA na Filipíny a roku 1958 šiel Hirokazu Kanazawa na Hawai, aby zriadil prvú zastúpení JKA na americkej pôde. Od roku 1960, potom čo Nishiyama zo odišiel do USA, učili v JKA závodné karate. Mnohí títo vysoko hodnotení majstri karate stratili časom svoje nadšenie pre JKA a začali samostatne hľadať korene pravého Karate-do.